Une explosion atomique dans les profondeurs de l'océan a provoqué un violent mouvement sismique qui déclencha un effondrement inattendu dans une galerie de mines dans la région volcanique de Kyushu. Les secours découvrent un cadavre mutilé et se retrouvent bientôt en face d'un monstre préhistorique en forme de chenille géante. Plus tard, deux immenses ptérodactyles parviennent à s'échapper des entrailles de la terre. Volant à des vitesses supersoniques, ils causent d'importants dégâts par les immenses tornades provoquées sur leur passage.