Jason Bourne, ancien agent des Services Secrets Américains, coule des jours paisibles à Goa, aux Indes, en compagnie de sa petite amie Marie, seulement troublés par quelques récurrentes et persistantes migraines. Quiétude vite dissipée lorsqu'on essaie de l'abattre et qu'à quelques milliers de kilomètres de là, on essaye de lui faire endosser un meurtre. Branle-bas de combat pour les sbires de la CIA qui veulent absolument le liquider et inaltérable volonté de Bourne de remonter les méandres de sa mémoire.