En plongée, au large de l'île de Santorin, Lara Croft découvre une antique cité submergée d'où sera dérobée une mystérieuse sphère âprement convoitée par le redoutable Jonathan Reis, un scientifique mercantile. Les services secrets demandent incessamment à notre héroïne de retrouver l'objet mirifique qui devrait mener à la légendaire boîte de Pandore. En association avec un ancien amant, Terry Shéridan, efficace baroudeur, Lara Croft se lance dans l'aventure.