Jason Bourne ne se souvient plus de rien depuis qu'il a été recueilli, avec deux balles dans le corps, par un chalutier, près des côtes marseillaises. A l'aide d'un mystérieux numéro de compte holographique, il découvre être le propriétaire d'une mallette, cachée dans un coffre suisse et qui renferme entre autres, quelques milliers de dollars et moult passeports à son effigie. Commence une longue quête de son identité secrète, (réelle ou fictive) avec l'aide d'une sympathique touriste allemande.