Gela Alta, 1859. Une comète tombe et déclenche un gigantesque raz de marée. Copenhague, de nos jours. Rentrant de son travail, Smilla découvre un attroupement devant son immeuble : Isajas, un enfant esquimau s'est tué en tombant du toit. Smilla critique la version officielle de la police : Isajas avait le vertige, il n'est pas monté jouer tout seul sur le toit, il avait peur, il fuyait, les traces qui vont droit au bord du toit le prouvent. Smilla ne veut pas que l'affaire soit classée et un médecin légiste, Lagermann, lui fait part de certaines choses troublantes qu'il a découvertes en pratiquant l'autopsie du gamin : un trou dans le pantalon, fait après la mort, pour pratiquer une biopsie dans la cuisse. Il n'a pu aller plus loin, le professeur Loyen étant venu le remplacer. Smilla a trouvé, dans les papiers conservés par Juliane, le nom de la comptable de la Société des Mines du Groenland : Elsa Lübing. Elle se rend chez cette dernière et lui demande des renseignements sur l'expédition aux cours de laquelle le père d'Isajas est décédé. Elsa Lübing finit par lui donner l'adresse de l'endroit où sont stockées les archives de la Société. Smilla s'y rend le soir même. Alors qu'elle vient de trouver le dossier, un autre visiteur la dérange. A sa plus grande surprise, elle s'aperçoit qu'il s'agit de son voisin. Au commissariat où Smilla est connue pour les actions subversives qu'elle a menées et la zizanie qu'elle sème partout où elle passe, on lui met sous le nez les objets volés aux archives qu'on a récupérés dans son appartement. Si elle ne veut pas finir en prison, elle doit se calmer. Le voisin de Smilla, à qui elle avait laissé un dossier des archives, lui dit qu'il l'a lu. Il y est question d'une expédition de 1966 dans laquelle il y a également eu des morts. Plus tard, au restaurant, elle aperçoit son voisin attablé avec un homme aux cheveux blancs, Andreas Tørk, un chercheur en minéralogie arctique, qu'elle avait aperçu à l'enterrement d'Isajas. Ayant trouvé une cassette audio dans les affaires laissées par Isajas, Smilla se rend à l'Arctic Museum, qui est situé sur une péniche, et demande au conservateur d'en analyser les sons. Il lui dit de revenir dans une heure, temps nécessaire pour examiner la bande magnétique. Quand elle remonte à bord, c'est pour découvrir que le conservateur a été tué. Elle se retrouve enfermé sur le bateau qui s'éloigne du quai et explose. Elle plonge et sort frigorifiée de l'eau glacée. Son voisin la récupère et la persuade d'aller se cacher chez son père. En route, il s'aperçoit qu'ils sont suivis. Il bifurque dans une rue et ils voient une Range Rover qui passe. Ils la prennent en filature et arrivent au port où Tørk surveille le chargement du Kronos. Smilla se rend chez son père qui lui montre des clichés du ver arctique et lui dit que c'est un parasite qui n'est pas très sympathique avec ceux qui l'accueillent puisqu'il finit par les tuer. Il lui demande qui est son voisin : il a un atelier de réparation, mais il n'y va jamais et il n'a pas les mains sales, je ne sais pas ce qu'il fait, conclut-elle. Elle se rend, avec son voisin, au casino que tient son ami Lander. Ils l'interrogent sur le Kronos. Il en connaît le capitaine, un certain Sigmund Lukas, dont le seul point faible semble être le jeu. Lander conduit Smilla jusqu'au Kronos où elle a été engagée comme femme de chambre. Un fois à bord, elle se fait aider par Jakkelsen pour gagner la partie du bateau interdite à l'équipage. Là, sur une des cassettes qu'elle visionne, il est question d'un météorite s'est abattu sur la région, Loyen explique qu'il a ramené sur terre le ver arctique et qu'Isajas qui s'est jeté dans l'eau contaminée quand son père y est tombé, a été contaminé, mais le ver semble se développer moins rapidement chez les enfants, comme s'ils étaient davantage immunisés… Le Kronos arrive à proximité d'une plate-forme. Smilla se prépare à descendre là, malgré l'interdiction du capitaine. Jakkelsen l'aide dans sa tentative, mais il se fait poignarder. Elle retrouve alors son voisin qui lui explique qu'il avait été engagé comme plongeur par Tørk, puis chargé de surveiller Isajas. Il la fait quitter le Kronos, qui fend la glace pour s'ouvrir un chemin, et lui dit de gagner un village à dix kilomètres de là. En fait, elle se rend au camp situé en face de l'endroit où le bateau a jeté l'ancre. Elle aperçoit l'entrée de la mine. Elle y descend et le pistolet d'un homme de Tørk vient se placer sur sa tempe. Tørk qui observe le météorite, chaud et vivant, lui dit que cette découverte va lui apporter la gloire et la fortune. Le capitaine tue l'homme chargé de la sentence, pour se venger de la mort de Jakkelsen qui était en fait son fils. Tørk abat alors le capitaine. Smilla réussit à pousser à l'eau l'homme de main de Tørk. Ce dernier, blessé au bras par un petit piolet expédié par le voisin, prend la fuite. Smilla se lance à sa poursuite. Ne réussissant pas à faire redémarrer son zodiac, Tørk essaye de gagner le Kronos en sautant de bloc de glace en bloc de glace. De la berge, Smilla l'interpelle sur la mort d'Isajas. : Il est allé l'attendre devant l'école, a essayé de le saisir par les vêtements pour ne pas laisser de traces, mais Isajas a réussi à fuir, jusque sur le toit où Tørk l'a poursuivi. Sa peur a été plus forte que son vertige. Il ne s'est pas retourné comme le prétend Tørk qui dit avoir appelé le gamin. Il n'entendait rien, il était sourd, lui lance Smilla, tandis que la grotte explose. Tørk glisse dans l'eau et disparaît. Le visage d'Isajas vient se superposer sur celui de Smilla, puis le visage de la jeune femme remplace celui du gamin.

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