Réalisé en quatre parties, référant explicitement à la Bible, ("la Genèse", "les Prophètes", "les Psaumes" et "l'Apocalypse") le film raconte la rédemption d'un mystérieux cavalier noir, El Topo, venu du désert, accompagné d'un petit enfant nu et qui tour à tour, avec des moyens quelquefois douteux, anéantit la bande du Colonel, enlève sa maîtresse, extermine quatre puissants tireurs et est recueilli par une étrange colonie de nains, vivant au fin fond d'une caverne qu'il libèrera de leur prison de pierre.